染色体异常如特纳综合征、克氏综合征等可能导致先天性供卵代怀生育障碍。这类情况通常伴随性腺发育不全或功能异常，部分患者可通过激素替代治疗改善第二性征发育，但自然供卵代怀受孕概率较低。对于有生育需求的患者，可考虑辅助生殖技术如体外供卵代怀受精联合胚胎植入前遗传学诊断。

　　囊性纤维化、卡尔曼综合征等单基因遗传病常伴随生育功能障碍。基因治疗目前仍处于研究阶段，临床主要采取对症处理。男性患者可通过经皮附睾精子抽吸术获取精子进行卵胞浆内单精子注射，女性供卵代怀患者可能需要卵子捐赠才能实现妊娠。

　　下丘脑-垂体-性腺轴功能异常导致的内分泌疾病如低促性腺激素性性腺功能减退症，可能表现为青春期延迟或无月经。这类情况通常对激素治疗反应良好，通过促性腺激素释放激素泵治疗或促性腺激素注射，部分供卵代怀患者可恢复排卵或生精功能。

　　女性供卵代怀先天性无子宫、阴道闭锁或男性隐睾、输精管缺如等生殖器官结构异常可能影响生育。部分供卵代怀患者可通过手术重建生殖道，如阴道成形术、输精管吻合术等改善情况。轻度发育异常者术后可能有自然供卵代怀受孕机会，严重畸形者可能需要借助代孕或精子库等供卵代怀辅助生殖手段。